En 1907, aún se discutía sobre la realidad de los átomos, aunque Albert Einstein y Marian Smoluchowski habían investigado recientemente el movimiento browniano en líquidos, que apoyaba fuertemente la teoría atómica.

Ehrenhaft adaptó sus aparatos para medir la carga elemental y con ello se vio envuelto en una agria controversia con Robert Millikan, al afirmar que había medido una carga eléctrica menor que la de un único electrón.

Sin embargo, era muy proclive a adoptar teorías alternativas para explicar experimentos que estaban centradas en interacciones y sistemas causales de múltiples factores.

Le fue imposible encontrar financiación para su investigación, ni tan siquiera un oído amigo en Estados Unidos.

En 1946, volvió a la Universidad de Viena, donde permaneció en su antiguo puesto hasta su muerte.