El joven defensor ingresó a los 34 minutos del segundo tiempo por Lucas Reynoso.
Sus primeros dos años en el plantel profesional lo tuvieron al lateral derecho jugando solo 12 partidos.
En 2023 consiguió establecerse en el equipo titular y jugó 33 partidos por el campeonato de Primera B, además de disputar un encuentro por Copa Argentina.
Tras un buen torneo, Federico Pérez se incorporó a Quilmes a inicios de 2024.
El club de la Primera Nacional lo contrató a préstamo por un año con opción de compra.