Fue elegido como preboste en Hamburgo en 1676, después de la muerte del director Kielmansegge.
Su hijo mayor sobreviviente, Ernesto Augusto, fue excluido de la herencia, debido a que se había convertido al catolicismo, dejando el ducado a Federico Guillermo, quien era por entonces el otro único hijo varón superviviente.
Casi simultáneamente, Federico Guillermo también fue elegido gobernador de Sønderborg.
Sin embargo, cuando Ernesto Augusto retornó al luteranismo en 1695, fue elegido gobernador de Sønderborg, ya que vivía ahí.
Federico Guillermo sirvió como mayor general en el ejército danés.