Cristián VI nombró a su cuñado Federico Ernesto gobernador de los ducados.
Federico Ernesto fue hecho caballero de la Orden del Elefante por su cuñado el rey.
Federico Ernesto y su esposa fueron enterrados en la Iglesia de San Miguel en Hohenaspe.
Fue sucedido como gobernador de Schleswig y Holstein-Glückstadt por Friedrich Ludwig von Dehn.
La Sala del Margrave en el Castillo de Glücksburg fue nombrada en honor a Federico Ernesto.