Fue fundada el 27 de junio de 2017 para reemplazar en la AMF, desde ese momento, a la Unión Europea de Futsal (UEFS) como organismo rector del deporte, el cual estuvo adscrito a este organismo deportivo desde su fundación como organización deportiva continental en 1988 en Madrid, España.
Tiempo después, la UEFS traslada su sede a Moscú donde funciona actualmente; sin embargo, por acciones de desacato e indisciplina a la AMF por parte de sus directivas, la UEFS es expulsada y desafiliada del organismo mundial y, en su lugar, la FEF se constituye y establece su sede en Milán (Italia) en 2017 como representante de la AMF en el continente.
A mediados de año en el 2022 se realizan dos torneos intercontinentales y la FEF los respaldó, sin embargo esto no era avalado por la AMF, rompiendo relaciones con este órgano indefinidamente.
En agosto mientras se llevaba a cabo uno de los dos torneos, se hace oficial el renacimiento de la FIFUSA y la FEF le dio su total respaldo convirtiéndose en miembro oficial de la misma.
En la actualidad existen 19 federaciones nacionales de toda Europa asociadas a la FEF.