Monos, murciélagos y miríadas de pájaros abundan en los árboles.
Entre los mamíferos se encuentran: La avifauna es variada y muy abundante entre los que se encuentran: Entre los reptiles están los siguientes: Otros reptiles son las iguanas que se mimetizan con los tonos variados del bosque; las tortugas de agua dulce como la caguama (Caretta caretta).
Entre los anfibios son abundantes los sapos y las ranas trepadoras de variadas especies.
Las costas de Honduras, se encuentran bañadas al norte y este por el mar Caribe y en el sur por el golfo de Fonseca, en las aguas turquesas próximas al mar Caribe se puede apreciar mediante buceo los arrecifes coralinos con su diversidad de algas calcáreas, algas rojas, (Rhodophyta), como praderas marinas, entre otras plantas acuáticas que abordan un natural ecosistema.
Entre la fauna que podemos encontrar en las costas hondureñas, están el Tiburón ballena, delfines, variedad de peces tropicales, camarones (Caridea) y muchas especies más