En 2013, Balbuena fue cedido a préstamo al club Rubio Ñu.Posteriormente, en el mismo año, se concretó su transferencia a Nacional, donde un año después alcanzó la final de la Copa Libertadores, destacándose notablemente en el torneo.[2] En 2016, Balbuena se incorporó al S. C. Corinthians del Campeonato Brasileño de Serie A, consolidándose como titular en la línea defensiva del equipo campeón brasileño y siendo nombrado capitán en 2017.[3] Durante su etapa en Corinthians, participó en la Copa Sudamericana 2017, donde el equipo fue eliminado en los octavos de final por Racing Club.Posteriormente, estuvo como agente libre hasta el 8 de julio de 2021, cuando firmó un contrato con el F. C. Dinamo Moscú por cuatro años, convirtiéndose en el jugador paraguayo con el salario más alto a nivel mundial en ese momento.
Balbuena con el West Ham United en julio de 2019 en un partido ante el
Hertha de Berlín
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Balbuena jugando para el Corinthians en un partido ante São Bernardo en 2023.
