El actual FK Sūduva fue creado en 1945 en reemplazo del LFLS Marijampolė, que había sido fundado en 1921.
Durante la etapa soviética se convertiría en el equipo de fútbol representativo de Kapsukas (actual Marijampolė), si bien su papel en el torneo lituano era más bien discreto.
Sin embargo, no ganó ningún partido en la temporada de transición y acabó descendiendo a segunda división como colista.
[1] La entidad se ha mantenido en la A Lyga desde 2002 y ha conseguido mejorar su desempeño deportivo.
[1][2] Y en la temporada 2017 se proclamó campeón de liga por primera vez, con un plantel liderado por el delantero internacional Tomas Radzinevičius.