Fue fundado en el año 1996 en el pueblo de Střížkov en la capital Praga con el nombre FC Střížkov Praha 9 y en el 2005 adoptó el nombre del viejo equipo Bohemians Praga, el cual decendiera a la Bohemian Football League en ese año.

[1]​ En el 2010, al Bohemians se le restaron 20 puntos y a pagar 6 millones de euros por negarse a jugar contra el Bohemians 1905 y acusó al SK Sigma Olomouc de no presentar evidencia,[2]​ y el club descendió de la Gambrinus liga.

En junio del mismo año no pudieron obtener la licencia para jugar en la Druhá liga y los directivos del club se negaron a pagar, por lo que descendieron a la Bohemian Football League.

En septiembre del 2012, la Corte Checa determinó que el club no podría llamarse Bohemians hasta el 31 de enero del 2013,[4]​ pero el club en diciembre apeló la decisión de la Corte, la cual tuvo validez.

El TJ Bohemians Praga tomó ventaja de la situación y rentó el logo del Bohemians al FC Střížkov Praha 9, un equipo de tercera división del país.