El equipo fue fundado en 2001 cómo FK Ditton por el empresario local Vladislavs Drīksne y recibió su nombre de su grupo empresarial homónimo.

En 2007, después de que Ígor Mályshkov, un empresario ruso originario de Daugavpils, se había hecho accionista principal del club, cambiaron su nombre a FC Daugava, así queriendo «restablecer» el legendario equipo soviético FK Daugava Riga que existía entre 1944 y 1990.

[3]​ Además, Dinaburg tomó el lugar del Daugava en la UEFA Europa League 2009–10.

En ese año el Dinaburg FC fue descendido a causa del arreglo de partidos,[4]​ por lo que el Daugava decidió volver a crear la franquicia en la Primera División de Letonia en la siguiente temporada, mientras que el Dinaburg FC dejó de existir.

Debido a que Daugavpils es un de las ciudades más grandes de Letonia, la LFF le propuso al Daugava una plaza en la Virslīga, la cual aceptaron y en la temporada 2010 regresaron a la máxima categoría.