La fábrica fue destruida en 1998 por un ataque con tres misiles de crucero Tomahawk lanzados por el gobierno federal de los Estados Unidos durante la Operación Alcance Infinito, matando a un empleado e hiriendo a once.

Estas justificaciones del bombardeo fueron negadas por los propietarios de la planta, el gobierno sudanés y otros gobiernos.

Los funcionarios estadounidenses reconocieron más tarde «que la evidencia que llevó al presidente Bill Clinton a ordenar el ataque con misiles en la planta de Shifa no era tan sólida como se describió por primera vez».

La administración del presidente Bill Clinton justificó los ataques, denominados Operación Alcance Infinito, con el argumento de que la planta de al-Shifa estaba involucrada en el procesamiento del agente nervioso mortal VX y tenía vínculos con el grupo islamista al-Qaeda de Osama bin Laden, que se creía que estaba detrás de los atentados con bombas en la embajada y la Operación Bojinka, un presunto complot terrorista a gran escala.

Sin embargo, no está prohibido por la Convención sobre Armas Químicas, como afirmó originalmente el gobierno de los EE.

La Alianza Democrática Nacional (NDA), una organización opositora sudanesa en El Cairo dirigida por Mubarak Al-Mahdi, también insistió en que la planta estaba produciendo compuestos para la producción de armas químicas.

[9]​ Los funcionarios reconocieron más tarde, sin embargo, «que la evidencia que llevó al presidente Clinton a ordenar el ataque con misiles en la planta de Shifa no era tan sólida como se describió por primera vez.

UU. escribió un informe en 1999 cuestionando el ataque a la fábrica, sugiriendo que la conexión con bin Laden no era precisa.

James Risen informó en el New York Times: «Ahora, los analistas renovaron sus dudas y le dijeron a la subsecretaria de Estado Phyllis Oakley que la evidencia de la CIA en la que se basó el ataque era inadecuada.

No se fabricaban tales productos químicos [de gas nervioso] aquí».

[14]​ El gobierno sudanés quiere que la planta se conserve en su estado destruido como recordatorio del ataque estadounidense y también invitó a los EE.

[3]​ Inmediatamente después del ataque, el gobierno sudanés exigió que el Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas realizara una investigación del sitio para determinar si se había utilizado para producir armas químicas o precursores.

[7]​ El periódico británico The Observer señaló que «[L]a pérdida de esta fábrica es una tragedia para las comunidades rurales que necesitan estos medicamentos», citando a Tom Carnaffin, gerente técnico con «conocimiento íntimo» de la planta destruida.

[18]​ Pero esta afirmación fue descrita como «difícil de tomar en serio» e «inverosímil» por el historiador Keith Windschuttle.

Muchas de estas agencias habían sido formadas total o parcialmente por estadounidenses que posteriormente evacuaron el país por temor a represalias.

The New York Times informó: «En el caso de la planta farmacéutica Al Shifa en Jartum, Sudán, sus preocupaciones pueden haber estado bien fundadas.

Los funcionarios sudaneses y el propietario de la planta negaron cualquier conexión con Al Qaeda.

El informe también señala que en su testimonio ante la comisión, Al Gore, Sandy Berger, George Tenet y Richard Clarke respaldaron la decisión de bombardear al-Shifa».