Aunque ninguno de ellos puede ser relacionado inequívocamente con el clado el grupo debió surgir a finales de dicho periodo ya que a principios del Triásico ya aparecen formas estrechamente relacionadas con Ginkgo.Hasta el Mioceno al menos una especie, Ginkgo adiantoides, parece ser localmente abundante y ocupa gran parte del hemisferio boreal.La mayor parte del registro paleontológico de especies relacionadas con el género Ginkgo se corresponde a hojas y ovarios.Esto es debido en parte a que estos vegetales producen estas estructuras de forma muy abundante, al ser árboles caducos con una profusa fructificación.El hecho de que las hojas hayan tenido una morfología tan constante durante toda la evolución del grupo, manteniendo forma del limbo y organización de las nervaduras, permite que su identificación sea muy clara.La madera de Ginkgo, tal como se ha comprobado en la especie viva, es muy fácilmente degradable en condiciones anaerobias.[4] Son varios los restos fósiles del periodo Pérmico que se han relacionado con formas basales correspondientes a Ginkgoales.Serían las correspondientes a los géneros Salisburia y Cyclopteris que comparten también características con otras gimnospermas.La principal diferencia con Ginkgoales es que en estos los ovarios son sésiles, no están unidos a ningún eje.Estos fósiles muestran semillas germinadas con embriones emergiendo de ellas, algunos con su radícula y cotiledones bien expandidos.[10] En cuanto a la morfología, Ginkgoites obovata del periodo Rhaetiense presenta una lámina ovoide con el margen ligeramente hendido y la nerviación paralela.Del mismo tiempo y lugar es Ginkgoites geinitzi con una lámina subtriangular profundamente dividida en cuatro lóbulos.Ginkgo yimaensis presenta ya todas las características anatómicas del grupo, con hojas en abanico con nerviación subparalela y ovarios sésiles aunque morfológicamente estas hojas se encuentran más profundamente divididas que las de Ginkgo biloba y los ovarios son más pequeños.[14] Se han dado ejemplos similares en Reino Unido donde han1 aparecido pares de óvulos asociados a tejidos epidérmicos tipo Ginkgo.La mayor parte de las especies aparecen con más frecuencia en las entonces regiones circumpolares del hemisferio norte con yacimientos en Alaska, Groenlandia, Escandinavia, Siberia y Mongolia.En el año 1691 el botánico alemán Engelbert Kaempfer tuvo contacto con la especie en Japón y envió las primeras descripciones a Europa, donde el género ya era conocido por sus fósiles.
