Su objetivo es promover la investigación en las ciencias de la vida y permitir el intercambio internacional entre científicos.
La organización se creó en 1964 y es miembro fundador de la Iniciativa para la Ciencia en Europa.
[13][14] En esa reunión se establecieron los objetivos iniciales de la entidad, que consistían en crear un laboratorio central europeo para las ciencias de la vida e incrementar las interacciones científicas entre los investigadores en Europa.
[14] Desde 1964,[16] los científicos miembros han sido elegidos anualmente[17] en base a la excelencia en la investigación.
[19] En su trayectoria destaca el lanzamiento de la primera revista, The EMBO Journal, en 1982; en 1986 se estableció una medalla de oro, la EMBO Gold Medal como premio anual para jóvenes científicos; el Programa de Jóvenes Investigadores, que concede becas a jóvenes profesores, se estableció en 2000 y se lanzaron otras tres revistas en los años siguientes: EMBO Reports, Molecular Systems Biology y EMBO Molecular Medicine.