[1] En 2006, los Gigantes asignaron a Vélez al equipo Augusta GreenJackets.Tuvo un gran año, ganando el premio al Jugador Más Valioso de la South Atlantic League.[3] Comenzó el año en AA con los Connecticut Defenders, pero jugó tan bien que fue promovido a AAA con Fresno Grizzlies.Sin embargo, sólo jugó cuatro partidos con Fresno Grizzlies antes de ser por llamado por los Gigantes.[5] En 2009, Vélez hizo una vez más el equipo durante los entrenamientos de primavera.Jugaría en San Francisco y en Fresno durante el año, pero pasó más tiempo con los Gigantes.También extendió su racha sin hits en general a 46 turnos al bate, rompiendo el récord compartido por Bill Bergen, Dave Campbell y Craig Counsell.
