Eugenio Manuel tuvo dos hermanas: El matrimonio de sus padres había sido considerado morganático por el reino de Cerdeña, por lo que en su nacimiento Eugenio y sus hermanos no eran considerados príncipes.

Este reinado sería más favorable a Eugenio y sus hermanos, que entonces eran conocidos como Saboya-Villafranca.

[1]​[2]​ En 1835 contaba con una corte propia a su servicio formada por:[3]​ Fue destinado a dar la vuelta al mundo en la fragata sarda Regina en agosto de 1838 tras haber sido nombrado capitán de fragata.

En años posteriores se comenzaría a tratar su matrimonio con una princesa como correspondía a su rango de príncipe de sangre, realizándose varios intentos infructuosos: Tras estos intentos finalizaría por no casarse con una princesa.

Carlos Alberto nombró a Eugenio como comandante general de la Armada del Reino de Cerdeña, pasando este último a residir en Génova durante cuatro años.