En 1980, Scott comandó un movimiento para evitar que el creacionismo se enseñara en las escuelas públicas en Lexington, Kentucky.

[9]​[10]​ También en el 2002 el Instituto Americano de Ciencias Biológicas le otorgó su primer premio "Outstanding Service".

[14]​ En 2007 Eugenie Scott y Kenneth Miller recibieron conjuntamente el Premio Educador Sobresaliente otorgado por el museo Exploratorium.

Scott fue galardonada con un premio, en reconocimiento a sus contribuciones en el campo del escepticismo científico.

[1]​ Eugenie Scott fue criada por su madre y su abuela en la denominación religiosa llamada Ciencia cristiana, pero más tarde se convirtió en una Congregacionalista, bajo la influencia de su hermana.

[32]​ Scott es ahora una humanista secular y se describe como no teísta.

[33]​ En 2003 fue una de los firmantes del tercer Manifiesto humanista, Humanism and Its Aspirations.

[37]​ La NCSE es neutra con respecto a la religión y sus miembros tienen una variedad de creencias religiosas o no las acreditan.

[38]​ Aun así, al igual que Eugenie Scott, los integrantes del NCSE fueron criticados por ser ateos por varios grupos creacionistas.

En 2006 Jon D. Miller, Scott y Shinji Okamoto escribieron un breve artículo, publicado en la revista Science.

[46]​ Sin embargo Scott, prefiere verse a sí misma como una "Golden retriever" (cobrador dorado) de Darwin".

[47]​ Scott dice que su obra "obliga a manejar la ignorancia científica del público estadounidense ".

[37]​ Artículos sobre Eugenie Scott han sido publicados en la Scientific American,[48]​ The Scientist,[49]​ en el periódico San Francisco Chronicle[50]​ y en el Stanford Medical Magazine.

[57]​ También se desempeñó como portavoz en la serie documental de la educación para la TV 2001 PBS Evolution.

En 2004, el Centro Nacional para la Ciencia y la Educación fue representado por Scott en el programa de TV Penn & Teller: Bullshit!

Si una pequeña pieza del rompecabezas evolutivo no cabe, todo el asunto tiene que caer."

[66]​ El juicio se originó en Dover, Pensilvania, en el cual el juez John E. Jones condenó la enseñanza del Diseño inteligente o creacionismo en las escuelas públicas americanas.

[67]​ Eugenie y su marido Thomas C. Sager, un abogado, tienen una hija que vive en Berkeley, California.