La Etapa Departamental del Cusco 2024 fue una competencia marcada por numerosos reclamos y decisiones administrativas que afectaron el desarrollo del torneo, incluyendo la clasificación de equipos sin jugar los partidos correspondientes.
Desde entonces, comenzaron a surgir constantes reclamos relacionados con la inscripción de los clubes en los Registros Públicos, afectando el desarrollo del torneo.
Otros equipos quedaron eliminados debido a faltas administrativas en sus ligas: Deportivo Juventus Quiquijana fue eliminado por faltas administrativas de su liga, permitiendo que Juventud Progreso avanzara a cuartos de final.
CD Defensor Sangarará fue eliminado, permitiendo que Juventud Alfa FC clasificara a semifinales.
Aunque inicialmente se pensaba que la final sería entre Juventud Alfa FC y Atlético Juventud Inclán (AJI), ambos de Calca, nuevos reclamos contra los dos equipos impidieron la realización del partido programado para el 29 de septiembre.
En la fase de grupos, Juventud Progreso ganó 3 partidos, empató 1 y perdió 2, quedando en segundo lugar, pero clasificó a la siguiente fase por un reclamo contra Deportivo Juventus Quiquijana, que había terminado primero.
La final no llegó a disputarse, quedando Juventud Progreso clasificado como Cusco 1.
Rec (3): AD Líder Ollanta presente un reclamo contra CD Kiara Romina por el partido desarrollado el 21 de agosto, sin embargo la comisión de justicia lo declaró infundado manteniéndose el resultado original.
Los cuatro equipos del grupo B4 quedan eliminado por falta administrativa de sus ligas.
CD Defensor Sangarará queda eliminado por falta administrativa de su liga.