Se componía por cuatro divisiones: Personal, Administrativa, Material y Sanidad.

El mismo era elegido por el presidente de la Nación entre los oficiales almirantes a propuesta del ministro de Guerra y Marina.

[3]​ El primer titular fue el contraalmirante Bartolomé Leónidas Cordero.

[8]​ Al día siguiente, el comandante en jefe puso en vigencia una nueva organización del Estado Mayor.

Este quedó integrado por:[9]​ Paralelamente a estos cambios orgánicos, el Comando en Jefe y el Estado Mayor se radicaron en el Edificio Armada Argentina-Comando en Jefe, que desde el 18 de agosto de 1969 se denomina «Libertad».