Es el nudo ferroviario más importante del país y el edificio de la estación fue inaugurado en 1861, situado próximo a la estación de autobuses.
La estación tiene servicios regulares a las principales ciudades lituanas y a otras de la región, como Minsk, Kaliningrado, Moscú y San Petersburgo.
La estación fue construida entre 1853 y 1862 durante la expansión de la línea ferroviaria San Petersburgo – Varsovia.
En 1861 se inauguró el ferrocarril Vilna - Kaunas - Eydtkunen (hoy Chernyshevskoye, entonces parte de Prusia Oriental), y en 1874 el ferrocarril de Minsk.
Después de la Primera Guerra Mundial en 1918, fueron creados los ferrocarriles lituanos y su sede, desde entonces, se encuentra en la estación central.