La estación de Stein am Rhein fue abierta en el año 1875 al inaugurarse el tramo Etzwilen - Constanza de la línea Seelinie Schaffhausen - Rorschach por parte del Schweizerischen Nationalbahn (SNB, Ferrocarril Nacional Suizo), que sería absorbido por el Schweizerische Nordostbahn (NOB, Ferrocarril Nororiental Suizo).

La estación se encuentra en el sur del núcleo urbano de Stein am Rhein.

Consta de dos andenes, uno central y otro lateral, a los que acceden dos vías pasantes y una vía término.

La estación está situada en términos ferroviarios en la línea Schaffhausen - Rorschach.

Sus dependencias ferroviarias colaterales son la estación de Etzwilen hacia Schaffhausen y la estación de Eschenz en dirección Rorschach.