La estación fue abierta en el año 1876, cuando se abrió el tramo Moutier-Delémont de la línea que pretendía unir Biel/Bienne con Basilea.

En el año 1908 fue inaugurado el trazado ferroviario entre la estación de Moutier y Soleura.

En 1915 se puso en servicio el conocido como Grenchenbergtunnel, un túnel ferroviario de 8,5 kilómetros que tenía su boca norte en Moutier y su salida sur en Grenchen, permitiendo un menor recorrido para alcanzar la ciudad de Biel/Bienne con el consiguiente recorte de tiempo respecto al recorrido por Sonceboz-Sombeval.

Recientemente se ha inaugurado un nuevo edificio de la estación que sustituye al antiguo.

La estación se encuentra en el sur del núcleo urbano de Moutier.