Sus actividades se centran en la investigación y enseñanza sobre los hábitats de aguas continentales, siendo una instalación de este tipo única en España.

[1]​[2]​[3]​ En 2009 obtuvo el Sello de Compromiso hacia la Excelencia Europea 200+ EFQM (European Foundation for Quality Management).

[6]​ El centro se dedica a actividades de investigación (básica y aplicada), docencia y divulgación del avance científico.

En la EHEC se llevan a cabo actividades de docencia para estudiantes universitarios de diferentes niveles,[9]​[10]​ niveles no universitarios y para profesionales.

[11]​[12]​ Para acercar los avances científicos a la sociedad y concienciar sobre la necesidad de implicarse en la conservación del medio natural, en la EHEC, se desarrollan numerosas actividades y materiales de divulgación y participa en distintas acciones de voluntariado ambiental.