Gananoque fue servida originalmente por dos ferrocarriles: la línea principal Grand Trunk Montréal-Toronto y el Ferrocarril de las Mil Islas, un ferrocarril de línea corta de 8 kilómetros que conducía a la costa.
Una estación principal también existió una vez en Lansdowne, pero fue derribada poco después de que CN abandonara el servicio a la aldea, en 1966.
[1] El cruce ferroviario se trasladó a la ubicación actual de la estación en 1901 mientras los envíos de madera a los muelles de Gananoque disminuían y el turismo en la línea crecía, con las Mil Islas promocionadas fuertemente como un destino de vacaciones por ferrocarril y barco de vapor.
[2] Si bien la estación de cruce permanece en servicio, un enorme tanque de agua que se elevaba sobre Gananoque Junction en la era del tren de vapor ya no está.
Las salidas se han reducido a 2 trenes por día debido a la pandemia de coronavirus, la cual fue a partir del 3 de junio de 2020.