La estación está ubicada en la línea Berna - Lötschberg - Simplon, que une a la capital suiza con Italia.

Desde el año 2007 está abierto el nuevo Túnel de base de Lötschberg que empieza en esta estación y acaba en Visp, en el valle del Ródano, y que permite atravesar la zona de los Alpes del Valais de una manera mucho más rápida.

Desde esa fecha, la mayor parte de los trenes, especialmente los de larga distancia, usan este nuevo túnel.

La mayoría de los trenes que efectúan parada en la estación de Frutigen son gestionados por BLS.

[1]​ La oferta de trenes regionales que paran en la estación es la siguiente: Además de estos servicios de carácter regional, Frutigen cuenta con la parada de un tren InterCity al día y por sentido, operado por los SBB-CFF-FFS: