Las instalaciones pertenecían a la línea Soria-Castejón, que estuvo en servicio entre 1941 y 1996.
Tras el cierre del trazado las vías fueron levantadas y el antiguo complejo ferroviario de Cintruénigo rehabilitado para otros usos.
Las instalaciones se mantuvieron operativas hasta que en 1996 se cerró a la circulación el trazado comprendido entre Soria y Castejón debido al escaso tráfico que movía, quedando sin servicio las infraestructuras.
Años después el antiguo complejo ferroviario fue rehabilitado y recuperado para otros usos, siendo levantadas las vías.
En la actualidad el edificio de la estación está conservado y acoge un bar, mientras que en la antigua playa de vías se ha levantado un parking.