La estación de Aefligen fue inaugurada en el año 1875 con la puesta en servicio del tramo Burgdorf - Biberist Ost de la línea Soleura - Burgdorf - Langnau im Emmental por parte del Emmentalbahn (EB).

En 1942 EB se fusionaría con Burgdorf-Thun-Bahn (BTB), y creando Emmental-Burgdorf-Thun-Bahn (EBT).

Se encuentra ubicada en el norte del núcleo urbano de Aefligen.

En términos ferroviarios, la estación se sitúa en la línea Soleura - Burgdorf - Langnau im Emmental.

Los servicios ferroviarios de esta estación están prestados por BLS:[1]​ Desde la estación de Aefligen se puede ir a Berna mediante la red S-Bahn Berna operada por BLS:[2]​