Fue parte del ramal La Serena-Rivadavia, y actualmente se encuentra inactiva dado que la línea fue levantada.
La estación fue una de las primeras construidas para el ferrocarril que unía La Serena con Rivadavia y que fue inaugurada el 4 de agosto de 1884.
[2] Enrique Espinoza consigna la estación en 1897, al igual que José Olayo López en 1910 y Santiago Marín Vicuña en 1910, quienes también la incluyen en sus listados de estaciones ferroviarias.
[3][4][5] La estación estaba a una altitud de 325 m s. n. m.[4] Con el cierre de todos los servicios de la Red Norte de la Empresa de los Ferrocarriles del Estado en junio de 1975, que implicó también el cierre del ramal La Serena-Rivadavia, la estación Marquesa fue suprimida mediante decreto del 13 de febrero de 1976 —quedando como paradero sin personal—[6] y posteriormente fue vendida.
[7] Actualmente la estación se encuentra habitada y en buen estado de conservación,[8] manteniendo los andenes de carga.