Fue creada para formar a los militares en ciberoperaciones, un campo que se ha vuelto cada vez más importante en la defensa nacional.
La EMCO proporciona formación especializada en ciberdefensa a los miembros del Ejército de Tierra, la Armada y el Ejército del Aire y del Espacio.
Está adscrita al Mando Conjunto del Ciberespacio del Estado Mayor de la Defensa.
Esta base es conocida popularmente como el «Pentágono español» y es la principal base de mando operativo de las Fuerzas Armadas españolas.
Los alumnos reciben formación en tres especialidades: operaciones ofensivas, defensivas e ISR (Information, Surveillance & Reconnaissance).