[4]​ En 1932 llegaron los primeros jesuitas a la parroquia del Carmen, quienes sentarían las bases para la fundación de la Pereyra.

Esta, debido a su ideología no era vista con buenos ojos por miembros de la Unión Nacional de Estudiantes Católicos (UNEC) que estaban por terminar la secundaria o que ya se encontraban cursando la educación media superior.

Por estas razones, buscaron el apoyo de diversos personajes entre los que destacan el Lic.

Al no contar con instalaciones propias, se alquila el edificio de la Escuela Politécnica ubicada frente el Bosque Venustiano Carranza.

Desde su fundación y hasta 1972, la Pereyra aceptó únicamente varones,[6]​ con la excepción de Esther Albores García, egresada en 1945.

Estos hechos permitieron que se pudiera empezar a construir un edificio propio para la secundaria y preparatoria en 1954.

Finalmente, en septiembre de 2005, todos los niveles educativos, desde preescolar hasta preparatoria, se juntan por primera vez en el Campus San Ignacio.

Al edificio de secundaria-bachillerato, se le tuvieron que agregar más salones, para acomodar a los alumnos de secundaria y bachillerato, que ahora iban a compartir el espacio en un mismo horario, además se construyó una nueva cafetería.

La casa de oración se encuentra frente a la escuela, cruzando la Calzada San Ignacio.

La escuela cuenta con equipos de fútbol, básquetbol, voleibol, atletismo y rugby.

Compiten en torneos organizados por el CONADEIP, así como en los Juegos Interjesuíticos, evento en el que se reúnen los seis colegios jesuitas de México para competir en diversas disciplinas deportivas.