Su posición (en el lado oeste del patio oeste y al norte de la capilla) se mantuvo hasta el incendio del Real Alcázar en 1734.
A principios del siglo XVI, Carlos I de España ordenó a los arquitectos Alonso de Covarrubias y Luis de Vega, realizar una reforma del alcázar madrileño que incluyó su ampliación mediante un segundo patio de proporciones similares al existente y situado al oeste de este.
Con esta reforma, la escalera y la capilla quedaban situados en la crujía entre ambos patios, el del rey (patio antiguo u oeste) y el de la reina (patio nuevo o este).
Desde la reforma de Covarrubias, la escalera tomó un aspecto similar al estilo renacentista de los patios del rey y de la reina, que flanqueaban y a los que se abría la escalera.
A través de la escalera principal se accedía a los cuartos del rey y de la reina situados en el piso superior del alcázar.