En 1954 se convirtió en director invitado en el Festival de Salzburgo.

De 1953 a 1958, fue la batita principal de la Orquesta del Mozarteum de Salzburgo, y dirigió varias giras con la orquesta, incluida una gira americana muy aclamada.

Fue designado director musical del Festival de Salzburgo en Hellbrunn en 1976, donde sus obras más destacadas incluyen veinte obras escénicas de Jacques Offenbach.

En 1979 volvió a poner en escena la ópera de Franz Schmidt Fredigundis.

Las grabaciones más destacadas de Märzendorfer fueron: