En 1903 crea la misión arqueológica italiana en Egipto, que dirige durante diecisiete años.

Efectuó doce misiones en Egipto, entre las cuales destacan: a Hemanieh, donde descubre una necrópolis predinástica así como varias sepulturas grecorromanas y coptas; a Gebelein, excavando tumbas predinásticas, donde una contenía un tejido sobre el cual se pintaron unas caras humanas; a Guiza, Asiut, Asuán, Hermópolis, Valle de Abbeville, y Heliópolis.

Por último, en 1906, descubre una sepultura, intacta, aún sellada que contenía los sarcófagos de madera del arquitecto real Kha, que vivió bajo el reino de Amenhotep II, y de su esposa Merit; aún se conservaban secas las flores depositadas sobre las tapas.

Tras este espléndido descubrimiento, la misión italiana prosigue sus excavaciones en Egipto hasta 1937.

Demasiado ocupado, Schiaparelli no publicó sus trabajos y a su muerte, en 1928 en Turín, los informes que deja son demasiado escuetos, y con él, desaparece la numerosa información sobre los lugares excavados, los objetos y el contexto en el cual se descubrieron.