Baja California, hasta la fecha, no ha vuelto a tener un gobernador del PRI.

De 2006 a 2012 se convirtió en senador suplente en las LX y LXI Legislaturas, pero sin haber tomado protesta.

Fue aspirante a la candidatura presidencial del PAN y su coalición, sin embargo fue rebasado por Ricardo Anaya Cortés .

[2]​ El 5 de junio de 2013, Ernesto Ruffo, junto a los exgobernadores Carlos Medina Plascencia, Fernando Canales Clariond, Fernando Elizondo Barragán, Francisco Barrio Terrazas y Alberto Cárdenas Jiménez, todos militantes de Acción Nacional, presentaron un movimiento llamado Panistas por México, el cual está integrado por 80 militantes del partido y encabezado por los exgobernadores.

También, reprocharon las disputas entre maderistas y corderistas, las cuales señalan, dañan al partido.