En 1784 Pieter Boddaert llamó al taxón Equus ferus, basándose en la descripción de Gmelin.

El caballo doméstico, llamado Equus caballus por Carlos Linneo en 1758, desciende del tarpán.

Se han realizado estudios entre las dos subespecies vivientes de esta especie.

Un estudio molecular en el año 2009 utilizando ADN antiguo (recuperado de restos paleontológicos) sitúa al caballo de Przewalski en la misma especie que el tarpán, y por lo tanto del caballo doméstico.

En comparación, las diferencias cromosómicas entre los caballos domésticos y las cebras poseen numerosas translocaciones, fusiones e inversiones.