Está constituido por la glándula pineal que secreta la hormona melatonina y otras estructuras que no secretan hormonas, entre ellas los núcleos habenulares y las estrías medulares.
Se encuentra entre los colículos superiores, colgando de la parte posterior envuelta por piamadre.
Se considera que la glándula pineal actúa de forma muy parecida a un reloj y regula los ciclos de sueño y vigilia (ritmo circadiano).
[2] Las especies que poseen un órgano fotorreceptor parapineal muestran asimetría en el epitálamo en la habénula, a la izquierda (dorsal).
La función de los núcleos habenulares está relacionada con la respuesta emocional frente a los olores.