Anteriormente había sido recogido en varias ocasiones, pero pasa como con Ephyphyllum pittieri que se desconoce su naturaleza variable, Britton y Rose describen la misma especie, de nuevo, en el mismo documento, bajo el nombre de E. caudatum.

Más tarde el mismo año, Vaupel transferió a los dos taxones de Phyllocactus, un nombre no válido utilizado en Europa por esa época.

Epiphyllum pumilum fue descrita por Britton & Rose y publicado en Contributions from the United States National Herbarium 16(9): 258.

[2]​ Epiphyllum: nombre genérico que deriva de las palabras griegas epi = "sobre" y phyllum = "hojas".

Este epíteto específico se refiere a las relativamente pequeñas flores de esta especie.