El endostilo es un surco ciliado longitudinal que se encuentra en la pared ventral de la faringe de los urocordados, cefalocordados y las larvas de las lampreas.
Produce una mucosidad que atrapa partículas de alimento, ayudando en el transporte del alimento hacia el esófago.
[1] Es una estructura homóloga de la glándula tiroides.
En las larvas de las lampreas se metamorfosea en la glándula tiroides, al convertirse estas en adultos, y se la considera como un homólogo de la tiroides de los vertebrados.
[1] Sin embargo la homología entre el endostilo de las lampreas y el de los urocordados y cefalocorrdados ha sido cuestionada.