Endomyxa es un subfilo de protistas del filo Cercozoa que comprende varias grupos de ameboides fagotrofos de vida libre, o parásitos no fagotrofos, que viven en el suelo, agua dulce o son marinos.

Predominantemente producen reticulopodios.

Dos de los grupos son de vida libre alimentándose de bacterias, algas y hongos (Gromiidea y Vampyrellidea), otro es parásito de las plantas (Phytomyxea), y el restante es parásito de los animales (Ascetosporea).

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