Endocnidozoa es un grupo de cnidarios microscópicos emparentados con las medusas que son endoparásitos, es decir, de hábitat intracelular, parasitando huevos de peces.

Está conformado por las clases Polypodiozoa y Myxozoa.

[1]​ En estructura y apariencia, las cápsulas polares se parecen a los cnidocitos de los cnidarios.

Por lo que se consideran cnidarios que habrían simplificado su estructura como adaptación al parasitismo, con extrema reducción de su tamaño y con simplificación del genoma.

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