En 2005 fichó por el Newcastle, pero en las últimas temporadas no jugó muchos minutos debido a constantes lesiones.
En el Newcastle vivió momentos muy duros ya que sus lesiones le impidieron demostrar su juego en el cuadro de St James' Park.
Tras finalizar su contrato con el equipo turco, en 2012 fichó, tras largas negociaciones, por el Atlético de Madrid.
Emre entró al campo en el minuto 87 sustituyendo a Radamel Falcao, autor de tres tantos.
En el equipo español apenas había contado para su técnico Diego Simeone, donde el futbolista turco participó en un total de 16 encuentros entre la Liga BBVA, la Copa del Rey, la Europa League y la Supercopa de Europa.
Emre contribuyó a la consecución del título participando en 19 partidos y anotando 6 goles.
En la Liga no pudo revalidar el título aunque Emre volvió a anotar 6 goles en 26 partidos.
Emre terminó con un récord de 7 ganados, 2 empatados y 1 perdido en 10 partidos.
Emre fue pieza angular del equipo turco y anotó un gol a Costa Rica en primera fase.