EE3 contiene cinco épocas, muchas menos que los otros juegos de la serie, aunque abarca aproximadamente el mismo período.
Cada facción se compone de edificios singulares, unidades, y tecnologías.
Se introduce varias nuevas unidades y armas, así como una nueva forma libre la estructura de la campaña que es similar en estilo a otros juegos de estrategia en tiempo real, como la serie Total War.
En EE3, cada región se centra en diferentes estilos de juego, por ejemplo, el Oriente Medio puede tener edificios móviles, Occidente tiene unas poderosas unidades, y el Lejano Oriente tiene masas débiles pululando, y combinándolas con unidades se producen poderosos mutantes en el futuro.
Durante este modo, el jugador tiene misiones opcionales a realizar, mientras conquista el mundo .