Su nombre proviene del palacio de los Jimyōin-tō.
El Príncipe Imperial Hirohito fue nombrado príncipe heredero en 1275, como heredero de su primo segundo, el Emperador Go-Uda, de la rama Daikakuji-tō.
En 1287, tras las presiones de la Corte y del shogunato, el Emperador Go-Uda abdica a favor de su primo segundo.
En 1290, la familia de Asawara Tameyori intentó asesinar al Emperador.
Durante el reinado del Emperador Fushimi, se intentó convencer a la nobleza en derrotar al shogunato Kamakura, pero no logró más que el fortalecimiento de éste.