En 2018 fue precandidato del PRD a presidente municipal de Villagrán, no logrando la candidatura.

Ese mismo año, fue postulado candidato de diputado federal por la coalición Por México al Frente por el Distrito 13 de Guanajuato, logrando el triunfo y siendo elegido a la LXIV Legislatura que concluyó en 2021.

Al ser elegido se integró en el grupo parlamentario del PRD, pero el 19 de febrero de 2019 renunció a su militancia en dicho partido y anunció su incorporación al grupo parlamentario del Movimiento Regeneración Nacional.

Emmanuel Reyes Carmona es integrante de la Iglesia La Luz del Mundo,[4]​ lo cual ha generado señalamientos públicos en el contestó de las acusaciones y condena por delitos sexuales del líder de la iglesia Naasón Joaquín García, a quien públicamente ha defendido, rechazando dichas acusaciones;[5]​ así como presidir la comisión de Salud y haber dado consejos médicos sin ser profesional en dicha área.

[6]​ Los señalamientos públicos por su pertenencia a dicha organización religiosa volvieron a ser notorios cuando el 1 de mayo de 2023 el Instituto Nacional Electoral otorgó registro como asociación política nacional a Humanismo Mexicano, organización presidida por Reyes Carmona,[7]​ y en que la también se integrarían los diputados y miembros de La Luz del Mundo Hamlet García Almaguer y Favio Castellanos Polanco.