[1]​[2]​ Es la hermana mayor de la actriz, cantante y compositora, Zooey Deschanel.

[cita requerida] Emily hizo su debut en el cine con la película Lotería del Amor (1994).

Su siguiente papel destacado fue en la película escrita por Stephen King, Rose Red en 2002, luego apareció en Cold Mountain, The Alamo y Glory Road.

Ese mismo año Emily fue elegida para el papel del Dra.

Se la puede ver en un vídeo de Access Hollywood en el evento de lanzamiento del libro de Karen Dawn Agradeciendo al Mono: replantearse la manera en que tratamos a los animales, opinando que los vegetarianos y las dietas veganas ayudan al medio ambiente.