[1]​ Emilio comenzaría su carrera en los banquillos en las categorías inferiores del Atlético de Madrid, Atlético Pinto y en el Valdemoro Club de Fútbol.

En la temporada 2004-05, firma como entrenador del CF Fuenlabrada de la Segunda División B de España, al que dirige durante cuatro temporadas.

[2]​ En la temporada 2009-10, continuaría al frente del filial azulino con el que logró el ascenso a la Segunda División B de España.

Emilio trabajaría durante otras tres temporadas más dirigiendo al Getafe Club de Fútbol "B" en la Segunda División B de España, manteniendo al equipo en la categoría de bronce del fútbol español, abandonando el cargo al término de la temporada 2012-13.

En la temporada 2020-21, vuelve a dirigir al Getafe Club de Fútbol "B" de la Segunda División B de España, no pudiendo evitar su descenso a la Tercera Federación.