Emiliano ha sido internacional con la selección de Uruguay en las categorías juveniles sub-20 y sub-23.
El 3 de enero de 2023 se dio a conocer la lista definitiva del plantel que disputaría el Campeonato Sudamericano Sub-20 y Rodríguez fue confirmado por el entrenador Marcelo Broli.
[1] Debutó en el Sudamericano Sub-20 el 26 de enero, en la tercera fecha de la primera fase, fue titular contra Bolivia, combinado al que derrotaron 4-1.
Emiliano estuvo presente en 5 encuentros y brindó una asistencia, incluso compartió minutos en el campo con su hermano mellizo Luciano Rodríguez.
[5] Debutó en los Juegos Panamericanos el 23 de octubre, fue titular contra República Dominicana y ganaron 1-0 con un gol suyo.