Fue establecida en 1949 como la primera misión diplomática filipina en América Latina, y su sede está situada en el barrio de San Benito, parte de Palermo en el norte de Buenos Aires.

El 21 de agosto de 1948 Filipinas y Argentina establecieron sus relaciones diplomáticas con una misión encabezada por Narciso Ramos como ministro y Manuel Escudero como primer secretario y cónsul general, ambos nombrado por Elpidio Quirino.

[1]​ Se estableció después una legación, la primera misión diplomática filipina en América Latina,[2]​ el 4 de abril de 1949 con sede en una habitación del Plaza Hotel.

[3]​ En 1960 se elevó a la categoría de embajada la legación con el nombramiento de Pedro Gil, nombrado cuatro años antes como ministro por Ramón Magsaysay,[4]​ el sucesor de Quirino, para desempeñar el cargo de embajador de Filipinas a Argentina.

[5]​ A partir del año 2012 la Embajada de Filipinas en Argentina ha sido situado en dos edificios notables.