Profesor de la Universidad de Birmingham, conservador jefe de las Galerías Nacionales de Escocia, fue también director del Barber Institute of Fine Arts durante casi veinte años.

Hijo del arquitecto Percy Leslie Waterhouse, Ellis Waterhouse estudió en el Marlborough College, donde conoció a Anthony Blunt, con quien se hizo amigo de por vida.

Después de graduarse en el New College de Oxford, Oxford, fue a la Universidad de Princeton, para estudiar con Frank Jewett Mather.

Comenzó su carrera como conservador adjunto de la National Gallery de Londres, luego como bibliotecario de la British School en Roma, antes de ser nombrado profesor en el Magdalen College (Oxford).

Redactor en jefe de The Burlington Magazine, Ellis K. Waterhouse fue profesor en la Universidad de Mánchester, y se convirtió en el conservador jefe de las Galerías Nacionales de Escocia de 1949 a 1952, titular de la Cátedra Slade de Bellas Artes en Oxford, y director del Barber Institute of Fine Arts, hasta su jubilación en 1970.