La principal fuerza opositora al gobierno, el Partido Liberal, sufrió profundas divisiones sobre sí participar o no en las elecciones, considerando que estas serían fraudulentas por falta de un padrón electoral depurado.
Finalmente, un sector del liberalismo, el Movimiento Renovación (MR), presentó la candidatura presidencial de Ernesto Gavilán.
La oposición exiliada desreconoció los resultados y afirmó que la elección misma constituía una farsa.
Sin embargo, para 1959 comenzaron a surgir fricciones dentro del gobernante Partido Colorado.
A principios de ese mismo año, un grupo juvenil interno opositor a Stroessner, el Movimiento Popular Colorado (MOPOCO), ganó las elecciones internas del Comité Central de la Juventud Colorada.
[1] La campaña electoral tuvo lugar bajo el estado de sitio y este solo se levantaría veinticuatro horas durante los comicios.
Los liberales radicales, así como el izquierdista Partido Revolucionario Febrerista (PRF), llamaron a sus partidarios a votar en blanco, denunciando que, al no haberse aceptado su exigencia de un padrón electoral depurado y condiciones de campaña mínimas, la elección no sería ni remotamente libre y justa.