[5] Sin embargo únicamente se registraron candidatos independientes para la elección de Ayuntamientos.Los tres precandidatos registrados y los resultados que obtuvieron en la elección interna son los siguientes: Xavier Abreu Sierra se proclamó triunfador al cierre de las casillas electorales, sin embargo, tanto Ana Rosa Payán como Luis Correa Mena se negaron a reconocer el triunfo de Abreu argumentando que fue favorecido por el aparato gubernamental y anunciaron que impugnarían la elección ante el Comité Ejecutivo Nacional del PAN,[17] sin embargo, Luis Correa Mena finalmente aceptó los resultados de la elección y únicamente Payán realizó la impugnación.Para obtener la candidatura a Gobernador del partido, según la convocatorio emitida, se registraron como precandidatos: El 10 de diciembre de 2006 el PRD anunció que su candidato a Gobernador sería designado directamente por el Comité Ejecutivo Nacional del partido, así como la conformación de una alianza electoral por lo menos con el Partido del Trabajo y Convergencia, como el Frente Amplio Progresista, pero sin cancelar la posibilidad de que se integren a ella otros partidos políticos opositores al PAN[27] Posteriormente se mencionó el interés del PRD en postular como su candidata a la exgobernadora y exprecandidata priista Dulce María Sauri Riancho[28], aunque ella ha rechazado tal posibilidad,[29] o la exprecandidata panista Ana Rosa Payán, quien renunció a su partido por desacuerdos con elección interna.[38] Con el rechazo de la candidatura de Ana Rosa Payán, Erik Villanueva Mukul, precandidato registrado a la gubernatura, inicialmente reiteró su postulación,[39] aunque manifestando que solo aceptaría la candidatura si cuenta con todo el apoyo del partido, ante los problemas por la postulación y posterior rechazo de Ana Rosa Payán,[40] la segunda precandidata registrada, Marbella Casanova retiró con anterioridad su postulación, aduciendo la debilidad de su partido en Yucatán.[41] Al final, Villanueva retiro su candidatura argumentando que "se les fue el tiempo y que ya no había posibilidades de ganar",[42] y finalmente el Comité Ejecutivo Nacional del PRD resolvió el 26 de febrero la postulación del cómico Héctor Herrera Álvarez como su candidato a Gobernador.[47] Sin embargo fue en modalidad de coalición electoral, denominada formalmente Alianza Ciudadana".Aunque hay pláticas avanzadas con el PAN para concretar una coalición,[51] que finalmente no tuvo lugar al rechazar Payán la candidatura para aceptar la postulación del PRD, que había condicionado esta a no compartirla con el PANAL, argumentando la influencia política de Elba Esther Gordillo en este partido.
Distribución de las ayuntamientos por partido:
[
7
]
PRI (59)
PAN (38)
PRD (6)
PVEM (1)
PT+Convergencia (1)
Independiente (1)
Distribución de los distritos por partido político